In der teils auch ideologisch befeuerten Schuldiskussion geht manches durcheinander. Vor allem konservative Gegner werfen die Gemeinschaftsschule mit der Gesamtschule und der sozialistischen Einheitsschule gern in einen Topf, um Verwirrung zu stiften. Aber „Rathaus Ratlos“ klärt auf:

Sozialistische Einheitsschule: Kennzeichnend für sie in der DDR war der strenge Lehrplan, der in einem zeitlichen Gleichschritt für Alle gleiche Lernziele vorschrieb.
Der Verweis auf die DDR-Einheitsschule soll alle Schulformen, die das gegliederte Schulsystem aufheben, diskreditieren. Seltsam: die Grundschule wird nicht kritisiert, obwohl dort alle Kinder ohne Trennung unterrichtet werden.

Gesamtschule und Gemeinschaftsschule sind Sekundarschulen für Alle und für alle Abschlüsse und in der Regel Ganztagsschulen. Sie unterscheiden sich in der Rechtsform: Die Gesamtschule ist eine gesetzlich verankerte Schulform, die eingerichtet werden muss, wenn ein förmlich erklärter Elternwille vorliegt und der Stadtrat zustimmt. Die Gemeinschaftsschule ist derzeit „nur“ ein Schulversuch mit behördlicher Genehmigung.

Strukturelle Unterschiede bestehen darin, dass für die Aufnahme von Schülerinnen und Schülern und für die Differenzierung für die Gesamtschule verbindliche Vorschriften existieren, etwa für die Aufnahme leistungsheterogener Schüler und die Einrichtung von nach Leistung getrennten Kursen. Die Gemeinschaftsschule unterrichtet in der Jahrgangsstufe 5 und 6 im Klassenverband, kann danach äußere Differenzierungen vornehmen, muss es aber nicht. Gesamtschulen müssen in der Sek I vierzügig, Gemeinschaftsschulen können auch dreizügig sein. Die Klassenfrequenz der Gemeinschaftsschule soll 23 bis 25 Schüler betragen; sie ist somit geringer als in der Gesamtschule - auch in den Klassen 7 - 10, wenn sie integrativ arbeitet. Es gibt einen Lehrerzuschlag wegen des Schulversuchs.

Die Gesamtschule hat in der Regel eine gymnasiale Oberstufe, die Gemeinschaftsschule kann eine solche einrichten oder muss einen festen Kooperationspartner haben, der die Schüler zur allgemeinen Hochschulreife führt.
Die Lehrpläne der Gemeinschaftsschule orientieren sich an gymnasialen Standards, so dass sie leistungsheterogene Schüler und Schülerinnen aufnehmen muss. Die Sicherung dieser Bedingung ist durch Elternbefragung und Schulentwicklungsplanung für fünf Jahre festzustellen.